Star Fox Zero contará con una gran variedad de misiones, que permitirán a los 
nuevos reclutas dominar el estilo de juego único del juego, basado en el uso de las dos pantallas de Wii U (mando y TV) simultáneamente. Conforme aumente nuestra habilidad como jugadores, podremos volver a las misiones de entrenamiento para mejorar puntuaciones, y aprovechar todo lo aprendido en el juego principal para descubrir nuevas áreas y batir nuestros récords. 
Conforme los jugadores progresen podrán volver a misiones anteriores, lo que nos permitirá 
encontrar objetos coleccionables ocultos, pero también rutas alternativas con nuevos desafíos. Por ejemplo, la 
ruta estándar a través del Planeta Fortuna (plagado de bio-armas) nos enfrentará con el 
Monarca Dodora, pero después de completar cierta misión de la historia, podemos volver a 
Fortuna y elegir perseguir a 
Star Wolf en lugar de seguir el camino normal.